A Epagri iniciou o trabalho com Povos Indígenas com o Microbacias 2 (2002 a 2009), experiência que mostrou que o diálogo, o respeito e a vivência em campo são essenciais. Este trabalho continua com o Programa SC Rural até 2016 com ações socioeconômicas-ambientais. O trabalho é realizado com 14 Terras Indígenas de povos Guarani, Xokleng e Kaingang.
Para definir ações prioritárias, foram consideradas as sugestões e críticas do Seminário Estadual de Consulta aos Povos Indígenas, de 08 de maio de 2008, a partir de onde se definiu o etnodesenvolvimento como pressuposto norteador dos trabalhos respeitando as peculiaridades de cada Terra Indígena e com respeito à autodeterminação e às prioridades definidas pelos atores centrais do processo.
A metodologia de trabalho preconiza a participação por meio de uma relação dialógica em que os encaminhamentos são construídos, tendo a flexibilidade como pressuposto básico. Como resultados alcançados, se constata uma diversidade de experiências com ações voltadas a produzir alimentos para autoconsumo, como em Chapecó, Ipuaçu, Palhoça e Biguaçu; reaproveitamento com material reciclável, como Imaruí, com vassouras feitas a partir de garrafas pet.
Em Entre Rios vem se destacando o trabalho com bovinocultura de leite, exemplar na referida área. O resultado maior que os indígenas desejam é o que denominam de auto-sustentação. Trata-se de buscar saídas para que populações tradicionais possam conviver com autonomia e felicidade. Há muito ainda a ser feito neste processo de aprendizados entre técnicos e Povos Indígenas.
